Zwei Anwendungsbereiche des umweltökonomischen Instruments der handelbaren Zertifikate standen im Mittelpunkt des Forschungsprojektes, zum einen die so genannten Grünen Zertifikate zur Förderung erneuerbarer Energien im Stromsektor, zum anderen der Emissionsrechtehandel zur Erreichung klimapolitischer Ziele. In vielen EU-Mitgliedstaaten wird über die Einführung solcher Zertifikatesysteme für einen oder beide genannten Bereiche nachgedacht. Über die Interdependenzen hat man bislang wenig diskutiert.

Mit diesen Wechselwirkungen hat sich das InTraCert-Projekt beschäftigt. Etabliert beispielsweise ein Mitgliedstaat parallel ein CO2-Zertifikate-Handelssystem und ein Grüne-Zertifikate-Handelssystem für die Stromerzeugung mit erneuerbaren Energien (EEA), können die mit der EEA eingesparten CO2-Emissionen nicht mehr über die Grünen Zertifikate verkauft werden (Vermeidung von Doppelförderung). Außerdem wurden Vorschläge für Zertifikatesysteme konzipiert, die nicht nur die Markteinführung erneuerbarer Energien auf dem Strom-, sondern auch auf dem Wärme- und Gasmarkt fördern. Im Oktober 2000 fand in Brüssel ein Workshop mit Vertretern aus Ministerien und Politik statt, auf dem erste Ergebnisse vorgestellt und diskutiert wurden. Ferner wurden Länderberichte veröffentlicht, die einen Überblick über die gegenwärtigen Klimapolitiken sowie Fördermaßnahmen für enerneuerbare Energien in den 15 Mitgliedsstaaten geben.

Ein wesentliches Ergebnis des Projektes ist eine umfassende Liste von Politikempfehlungen hinsichtlich der Implementierung von Zertifikatesystemen für erneuerbare Energien und CO2-Emissionen auf nationaler bzw. EU-Ebene.